Việc tìm thấy đồ gốm văn thừng màu đỏ có chất lượng tốt ở Bành Hồ đã chỉ ra rằng người dân từ Tây Nam Đài Loan đã đến quần đảo này từ khoảng 5.000 năm trước, song họ không định cư lâu dài.[2] Người Hán từ nam bộ Phúc Kiến bắt đầu thành lập các làng chài trên quần đảo từ thế kỷ 9 và 10,[2] triều đình Nam Tống và Nguyên cho đóng quân một cách không liên tục tại quần đảo từ khoảng năm 1170.[3] Tư liệu văn hiến có đề cập đến Bành Hồ sớm nhất của Trung Quốc xuất hiện vào thời Nam Tống, trong "Công quý tập" (攻媿集)- quyển 88 của Lâu Thược (樓鑰) có viết rằng: tháng 4 năm Càn Đạo thứ 7 (1171), khởi đầu từ Tuyền Châu, đến quận... quận thực Lâm Hải, giữa có bãi cát vài vạn mẫu, hiệu Bình Hồ, trong văn bản cũng mô tả Uông Đại Du (汪大猷) bảo hộ người Hán tại Bình Hồ chống lại sự cướp bóc của người Bì Xá Da (thổ dân Đài Loan), cho xây nhà 200 gian, khiển tướng trú thủ.[4] Trong tiếng Mân Nam, Bình Hồ và Bành Hồ phát âm gần như nhau, giới học giả phổ biến đồng thuận rằng Bình Hồ là Bành Hồ. Đến thời Nguyên, với việc di dân ngày càng tăng lên, triều đình đã cho thiết lập tuần kiểm ti (巡檢司) tại Bành Hồ. Quần đảo cũng được mô tả trong một số chi tiết của sách Đảo di chí lược (島夷誌略) năm 1349 do thương nhân Uông Đại Uyên (汪大渊) viết.

Trong Trịnh Hòa hàng hải đồ xuất hiện "Bình Hồ dữ" (平湖嶼)Chiếm hạm Pháp oanh tạc các vị trí của quân Thanh quanh Mã Công, 29 tháng 3 năm 1885

Vào thế kỷ 15, nhà Minh ra lệnh buộc cư dân phải rời khỏi Bành Hồ, theo sách lược hải cấm. Đời Minh Thành Tổ và Minh Tuyên Tông, triều đình phái Trịnh Hòa thám hiểm tây dương, và trong sách Trịnh Hòa hàng hải đồ có xuất hiện bản đồ ghi nhóm "Bình Hồ dữ" (平湖嶼), tức là quần đảo Bành Hồ. Lệnh hải cấm của nhà Minh bị bãi bỏ vào cuối thế kỷ 16 nên từ đó dân chài lại tụ tập sinh sống ở Bành Hồ. Khi người Bồ Đào Nha đến và thấy ngư dân trên đảo nên theo đó mà đặt tên là "Pescador" (ngư ông).[3]

Ngày 1 tháng 7 năm 1622, 12 chiến thuyền Hà Lan với 1024 lính kéo vào đánh chiếm Mã Công. Bành Hồ không có lính đồn trú nên khu vực coi như bị bỏ ngỏ. Dân Bành Hồ chống lại nhưng bị thua. Người Hà cho xây dựng những công trình phòng thủ đê dùng Bành Hồ kiểm soát tàu thuyền qua lại khu vực. Mãi đến năm 1624, tuần phủ tỉnh Phúc Kiến mới tâu lên triều đình đem binh mã đánh đuổi được quân Hà Lan ở Bành Hồ rồi đóng 3.000 binh trấn giữ.[5]

Năm 1661, Trịnh Thành Công đã xuất binh từ Kim Môn, trước sau chiếm lĩnh Bành Hồ và khu vực do Hà Lan thống trị trên đảo Đài Loan, sau đó thiết lập An Phủ ti tại Bành Hồ. Năm 1683, thủy sư đề đốc nhà Thanh là Thi Lang tại hải chiến Bành Hồ đã đại phá hạm đội họ Trịnh, đánh chiếm Bành Hồ, tướng họ Trịnh là Lưu Quốc Hiên (劉國軒) phải rút chạy về Đài Loan, chính quyền họ Trịnh sau đó đầu hàng quân Thanh. Sau đó, triều Thanh đặt Bành Hồ dưới quyền cai quản của huyện Đài Loan ở nam bộ Đài Loan hiện nay. Năm 1767, thông phán Hồ Kiến Vĩ (胡建偉) hoàn thành việc biên soạn "Bành Hồ kỉ lược" (澎湖紀略), trở thành cuốn sách ghi chép hoàn chỉnh đầu tiên về Bành Hồ. Năm 1778, một tháp hải đăng được xây trên Tây Tự, hoàn thành vào năm sau, khởi đầu cho việc xây các hải đăng ở khu vực Đài Loan.

Tháng 3 năm 1885, quần đảo Bành Hồ bị người Pháp đánh chiếm trong những tuần cuối cùng của Chiến tranh Thanh-Pháp, và họ đã chỉ rút đi bốn tháng sau đó. Chiến dịch Bành Hồ là chiến dịch cuối cùng của đô đốc Amédée Courbet, ông đã giành được các thắng lợi trong các trận hải chiến và trở thành một anh hùng dân tộc tại Pháp. Courbet nằm trong số các chỉ huy và thủy thủ Pháp đã chết vì bệnh tả trong thời gian Pháp chiếm đóng quần đảo Bành Hồ. Ông qua đời trên tàu đô đốc Bayard của mình tại cảng Mã Công vào ngày 11 tháng 6 năm 1885.[6]. Năm 1887, Hải Đàn trấn tổng binh Ngô Hoành Lạc (吳宏洛) nhậm chức Bành Hồ thủy sư tổng binh, giám sát xây dựng thành Bành Hồ (Ma Cung).

Thính xá Bành Hồ thính, thời thuộc Nhật, nay là khu vực trị sở chính quyền huyện Bành Hồ

Trong chiến tranh Giáp Ngọ giữa Trung Quốc và Nhật Bản, quân Nhật đã tiến hành chiến dịch Bành Hồ trong thời gian 23–26 tháng 3 năm 1895. Quân Nhật giành được chiến thắng với tổn thất tối thiểu, lính Thanh hầu hết đều đầu hàng và được người Nhật cho hồi hương về Trung Quốc đại lục. Tuy nhiên, một đợt bùng phát dịch tả sau đó đã khiến hơn 1.500 lính Nhật thiệt mạng trong vòng vài ngày.[7][8] Với việc chiếm đóng Bành Hồ, người Nhật có thể ngăn cản việc có thêm quân Thanh được đưa đến Đài Loan, thuyết phục các nhà đàm phán Đại Thanh tại Shimonoseki rằng Nhật Bản đã quyết tâm để thôn tính Đài Loan. Với Điều ước Mã Quan ký kết vào tháng 4 năm 1895, triều đình Thanh đã nhượng Bành Hồ cho Nhật Bản. Tuy vậy, người Nhật Bản cho rằng họ có thể sẽ gặp phải kháng cự khi cố gắng chiếm đóng Đài Loan, và việc chiếm được Bành Hồ đã đảm bảo thành công của chiến dịch xâm lược Đài Loan của người Nhật vào sau đó.[9] Sau đó, người Nhật thành lập "Bành Hồ (Hoko) đảo thính" tại quần đảo Bành Hồ, rồi đổi thành "Bành Hồ thính", trực thuộc Đài Loan tổng đốc phủ. Năm 1920, Bành Hồ thính được đổi thành Bành Hồ quận thuộc Cao Hùng (Takao) châu, đến năm 1926 thì Bành Hồ quận đổi lại thành Bành Hồ thính, trực thuộc trực tiếp Đài Loan tổng đốc phủ. Năm 1923, hoàng thái tử Hirohito khi đến Đài Loan đã thị sát Bành Hồ. Trong chiến tranh Trung-Nhật, Mã Công (Mako) cảnh bị phủ là một căn cứ chính của Hải quân Đế quốc Nhật Bản và là một điểm thượng tải trong cuộc xâm lược Philippines của Nhật.

Trong Tuyên bố Cairo năm 1943, Hoa Kỳ, Anh Quốc, và Trung Hoa Dân Quốc đã tuyên bố rằng "tất cả các lãnh thổ mà Nhật Bản đã chiếm đoạt từ người Trung Quốc như Mãn Châu, Đài Loan và Bành Hồ phải được trao trả cho Trung Hoa Dân Quốc." Ngày 26 tháng 7 năm 1945, ba chính phủ đã đưa ra Tuyên bố Potsdam, thông báo rằng "Các điều khoản của Tuyên bố Cairo sẽ được thực hiện." Trong Hiệp ước San Francisco, Nhật Bản đã từ bỏ chủ quyền đối với Đài Loan và Bành Hồ.

Sau khi Nhật Bản chiến bại, chính phủ Trung Hoa Dân Quốc tiếp nhận quần đảo Bành Hồ, thiết lập huyện Bành Hồ thuộc tỉnh Đài Loan.[10] Vào đầu thập niên 1990, chính phủ Trung Hoa Dân Quốc đã thành lập khu phong cảnh quốc gia Bành Hồ bao gồm hấu hết các đảo của quần đảo. Từ thời điểm đó, du lịch trở thành một trong các nguồn thu chính của huyện. Ngày 25 tháng 5 năm 2002, trong Chuyến bay 611 của China Airlines, khi chiếc Boeing 747-200 bay từ Đài Bắc đến Hồng Kông, đã vỡ tan trên bầu trời quần đảo Bành Hồ. Các mảnh vụn đâm xuống eo biển Đài Loan, một vài dặm ngoài khơi. Toàn bộ 225 hành khách và phi hành đoàn trên máy bay đều thiệt mạng.[11] Tháng 9 năm 2009, huyện Bành Hồ đã tiến hành trưng cầu dân ý việc hợp pháp hóa ngành cờ bạc tại huyện, kết quả là việc này đã không được thông qua với số phiếu tán thành là 13.397, số phiếu phản đối là 17.359.[12]